《新安醫學學術思想精華》分上、中、下三篇。上篇為緒論，主要介紹新安醫學及其形成的歷史原因，新安醫家學術思想發明的實踐和理論基礎，學術思想形成的不同類型和主要特點等內容。中篇為新安醫學十大學術思想，分十個專題分別介紹影響較大或較為獨特的醫家學說。下篇為新安醫家理法方藥發揮，分十九個小的專題，分別介紹與基礎理論、診斷、臨床、方藥等有關以及有獨特見解的學術觀點。
對於十大學術思想的每一個專題，再分為學術發明、歷史貢獻、臨床應用、現代評價等四個層次進行討論。理法方藥發揮的每個專題，則以學術源流、基本內容、現代評價等三個層次進行討論。這種層次安排，旨在突出該學術思想產生的學術背景、核心內容、學術價值及其潛在的科學原理。
本書屬於研究性專著，所討論的新安醫家學術思想都以原著為依據，並盡可能系統地摘錄其精華內容，但非簡單的抄錄，而是進行多角度地發掘和凝練，以體現其精華價值所在。學術思想有以原文簡短語句為標題者，亦有編者根據醫家原意重新凝練為簡短語句者。所涉及的新安醫家古今文獻，都盡可能著錄清楚。古代文獻多隨文著錄到原書的二或三級標題，少數難於理解的字義，均以隨文設(注)的方式置於相關字詞後，其他現代研究的文獻採用現代通行的標注方式，著錄在每個專題的後面。

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