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靈魂是主觀精神發展的第一個階段。
黑格爾所講的「靈魂」實際上是人類學的一個研究對象。黑格爾認為，人在真正達到感性認識之前必須經歷一個過程，人不可能一瞬間就達到感性階段。而在達到感性階段之前必須經歷的這個階段，黑格爾把它稱為靈魂。因此，黑格爾認為，靈魂是精神發展的開端，是精神的潛在的直接存在，還沒有達到清醒的意識，還是「自然精神」。
所以說，靈魂就是自然精神，是精神意識發展的最初級的階段。作為人類精神意識發展的最初階段，靈魂只是一種模糊的非常低等的精神意識，或者說是僅僅與低等動物的意識狀態相類似的意識狀態。在靈魂階段，雖然人和自然是渾然一體的，主體和客體的關係尚未分開，但是靈魂作為精神的一種形態，儘管是最原始的形態，它畢竟意味著理念已開始擺脫自然的外在性，逐步進入作為真理的境界。另外，黑格爾認為，靈魂是和人的肉體緊密地聯繫在一起的。靈魂不能與人的肉體割裂開來，兩者是相互依存、相互發展的。
靈魂也有一個發展的過程：
最初是「自然靈魂」，它完全受自然條件的束縛，受肉體的支配。它把一切存在都作為它本身，它所具有的各種質的差異，如人種、民族特性、個人氣質、性格、本能等，都是由氣候、地理等自然條件所賦予。
當「自然靈魂」發展到能夠自我感覺時，它就開始擺脫自然的規定。因此，在「感覺靈魂」裡，靈魂表示出感覺活動的自我性和主動性。自我感覺能夠區分它本身的各種特殊感受與感覺，形成「習慣」，使人成為普遍性的自我，得到一定的自由。但習慣僅僅是無意識的活動，不能給人真正的自由。
「現實的靈魂」有能力超出自然存在，成為同客體相對立的主體，自然則成為外在於主體的客體。於是「靈魂」階段就過渡到「意識」階段。
一、「自然靈魂」
「自然靈魂」是主觀精神發展的最低等的階段，是精神哲學發展的起點。當主觀精神還處於「自然靈魂」的階段時，「主觀精神」（或者是「精神」）還只是具有自然規定性的靈魂。那麼，我們應該如何理解這裡所指的「自然規定性」呢？黑格爾認為，處於「自然靈魂」階段的主觀精神，還複雜地糾纏在自然之中，還沒有從紛繁複雜的自然中掙脫出來。除了具有單純地表明它的純自然屬性的「有」或者「存在」的特性外，自然靈魂沒有任何具體的性質。或者可以說，作為「主觀精神」發展的初級階段的「自然靈魂」，就是一種沒有任何具體規定性的單純的意識狀態。
黑格爾又把「自然靈魂」分別從「自然的質」、「自然的變換」和「感受」三部分來論述「自然靈魂」：
（1）自然的質
「自然靈魂」是「主觀精神」發展的最低等的階段，這時候，「自然靈魂」根本不可能意識到外在於自己的任何對象，而是把任何都看作是自身的一部分；即使是外界環境對「自然靈魂」所作出的任何具體的規定性，「自然靈魂」也不是把它們當作外在於自身的東西，而是把它們當作自身固有的規定性，是自身固有的「自然的質」。黑格爾認為，「自然的質」可以從以下三個方面來具體說明：首先，靈魂所具有的質的差異是和氣候、季節、一日之間的差異有相應的關係的。黑格爾說：「靈魂參與一般行星的生活，感到氣候的差異、季節的變換、一日之間的周轉等。」黑格爾也正是要說明，靈魂所具有的質的差異是和氣候、季節、一日之間的差異有相應的關係的，不一樣的氣候、季節等因素對靈魂的形成意義上的特性有相應的決定意義，靈魂的具體特性所體現的也正是影響它特性所形成的氣候、季節、一日之間的差異等因素。例如黑格爾又說：「動物本質上生活於對它們的同感之中，它的特性和它的特殊的發展在很多情況下完全依賴於這種同感，並且總是或多或少依賴於這種同感。」
其次，靈魂體現在種族之間的差異上主要決定於地理環境的差異。黑格爾認為，不同的地理環境會影響靈魂具體的特性的形成，從而形成種族之間的差異；不同種族之間從本質上講是沒有差異的，都是平等的，如果真的存在不同，那也只是因為生活的地理環境的不同造就的。黑格爾說：「人自在地是有理性的；一切人的權利上的平等的可能性就在這裡，——堅持區分有權人種和無權人種，乃是毫無意義的。」黑格爾不承認種族之間有任何不平等的可能性。再次，人的靈魂因個人的氣質、性格等因素而存在差異。黑格爾認為，人的靈魂（這裡所指的靈魂當然還是指「自然靈魂」）會因為每個人的氣質、性格等因素而存在差異，但是這裡所講的氣質、性格等因素都是自然賦予的。當然，人的氣質、性格雖然是自然賦予的，但是，它們也會在後天的成長過程中不斷地因受到教育而更加完善。
（2）自然的變換
「自然的變換」是「自然靈魂」發展過程中，相比較於「自然的質」更高的一個階段，指的是靈魂作為個體時所具有的多樣性。其實，靈魂並不是一個整體的概念，它更多時候表現出來的是個體的概念。那麼，是不是每一個個體的靈魂所表現出來的都是和整體絕對一樣的靈魂特徵呢？並不是這樣的，黑格爾認為，靈魂作為個體時會表現出自身的個別性，眾多的個體靈魂表現出來的靈魂是多樣性的，這就是「自然的變換」的結果。
「這種多樣性是始終唯一的主體的各種變換，並且是它的發展的各個階段」。個體靈魂的差異性首先表現在靈魂在不同的年齡階段會有個別性的差別，例如一個人在「童年」、「青年」、「中年」和「老年」等不同的年齡階段，會表現出「自然靈魂」的多樣性：「童年」階段是一個人人生的開始階段，精神上處於模糊的混沌狀態；「青年」階段是一個人真正開始人生的重要階段，精神狀態只要表現為「理想與現實的對立」；「中年」階段是一個人開始成熟並逐漸沉澱的階段，精神狀態開始逐漸接受現實，安於現狀，對現實世界、理想以及人生會有一個合理的理解；「老年」是一個人的人生的最後階段，精神開始完全實現客觀性的統一。
其次，靈魂的個別性表現為「性的關係」，這是一個個體靈魂發展的相當重要的階段，在這一階段，每一個個體都開始遇到了一個真正的對立方，都會盡力在各自的對立方中尋找自己，從「性」的角度實現自己的靈魂，例如：黑格爾說，「性的關係在家庭中獲得它的精神的和道德的意義和作用」。最後，「自然的變換」還表現為「睡眠和覺醒」，黑格爾認為，「自然靈魂」由於自身包含有「自然的質」和「自然的變換」，從而使自身和自身所包含的內容之間產生了區別，「覺醒」就是個體性認識到「自然靈魂」自身和它所包含的內容之間的區別的活動，這也叫做「靈魂的覺醒」；相對於「靈魂的覺醒」，「睡眠」指的是一種意識活動，是指回覆到無區別的靈魂自身的活動。
（3）感受
「感受」是在「睡眠」和「覺醒」的基礎上，黑格爾認為，「睡眠」和「覺醒」是不能分開的，兩者互相轉化，「感受」就是「睡眠」和「覺醒」的統一。一方面，「感受」面對的是直接的現成的東西；另一方面，「感受」所面對的直接的東西會在一定程度上否定自身的「直接性」，進而成為「理想中的東西」存在於靈魂之中。之所以說「感受」就是「睡眠」和「覺醒」的統一，正是因為「感受」會在感受有差別的東西或直接物中回覆到自身，並最終實現有差別與無差別的統一。
二、「感覺靈魂」
相比較於著重表現靈魂活動的被動方面的「感受」，「感覺」更強調靈魂活動的主動方面。當「自然靈魂」發展到能夠自我感覺時，它就開始擺脫自然的規定了。因此，在「感覺靈魂」裡，靈魂表示出感覺活動的自我性和主動性。「感覺靈魂」又可以分為以下三個階段：
（1）直接性中的感覺靈魂
「直接性中的感覺靈魂」是「感覺靈魂」發展的第一個階段。在這個階段，「感覺靈魂」還處於直接性階段，還沒有真正地實現出來。即在這個階段，「感覺靈魂」還不是真正的主體「我」在進行「感覺」，而是「我」受制於另外一個主體而進行的感覺活動。黑格爾在論述「感覺靈魂」時舉了很多例子，例如「心靈感應」之類的奇特的心理活動。黑格爾把控制和指揮其他靈魂的主體叫做「感覺靈魂」的「守護神」。
（2）自我感覺
「自我感覺」是「感覺靈魂」發展的第二個階段。在這個階段，作為靈魂主體的「我」不是在其他主體的靈魂中進行「感受」，而是在自己的靈魂中進行「感受」。黑格爾認為，「自我感覺」就是指「靈魂」作為個體已經能夠區分自身與它的各種感覺；「靈魂」作為主體不僅僅能區分自身與自己的各種感覺，並且還能夠把自身的各種感覺作為自身的感覺設定在自身之內，並最終使自己結合為一個主體的「單一體」；黑格爾認為，這個「單一體」就是「自我感覺」。
（3）習慣
「習慣」是「感覺靈魂」發展的最後一個階段。黑格爾認為，當「感覺靈魂」發展到「習慣」階段，一方面，靈魂主體——「我」沉浸在各種特殊的感覺中；另一方面，各種特殊的感覺都已經不再盲目，而是每一種特殊的感覺都有了自己存在的印記以使得自己與其他的感覺區別開來。說得更清楚一點，在「習慣」階段，靈魂已經具有了某種「普遍性」或者「重複性」；「習慣」就是貫穿在各種特殊感覺中的抽象的「普遍性」或者「重複性」。正如黑格爾所講，「靈魂使它自身成為一種抽象的普遍性的存在，而且把各種特殊的感覺（和特殊的意識）歸結為它的存在的單純規定。這就是習慣」。總而言之，有了「習慣」，靈魂便可以對自己的各種特殊的感覺應對自如，人的各種活動也因此能夠更適應外部的環境，更加自由地在自然界中生活。
三、「現實的靈魂」
「現實的靈魂」也被稱為「實在靈魂」，這是「靈魂」發展的最後階段，也可以理解為「靈魂」發展的完成階段。那麼，黑格爾是如何論述「現實的靈魂」的呢？黑格爾認為，「現實的靈魂」是「自然靈魂」和「感覺靈魂」的統一體。如果把「自然靈魂」理解為「靈魂」的內在屬性，把「感覺靈魂」理解為「靈魂」的外在屬性，那麼，「現實的靈魂」也可以理解為作為靈魂的外在屬性和內在屬性的統一。
但是，黑格爾論述到這裡的時候仍然沒有脫離客觀唯心論，他認為，靈魂的內在屬性「自然靈魂」和靈魂的外在屬性「感覺靈魂」雖然在「現實的靈魂」中達到了統一，但是起主導作用的仍然是靈魂的內在屬性（即自然靈魂）；靈魂的外在屬性決定於內在屬性，受內在屬性支配。因此，靈魂可以主宰整個自然的「上帝」，自然只是靈魂自我外在化的客觀對象。
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