第一部《春雪》內容，敘述書中主人翁之一的松枝爵家嗣子松枝清顯，對青梅竹馬的綾倉伯爵家的掌上明珠聰子情有獨鍾，但清顯一直沒有勇氣向她表白。而書中靈魂人物本多繁邦，則是松枝清顯在學習院的同班同學。在命運之神的捉弄下，聰子被許配給洞院宮治典王殿下。
綾倉家的老僕人蓼媽一直居中設法，終於讓松枝清顯、聰子二人私訂終身，藍田種玉後，聰子和治典王殿下的婚事當然作罷。而聰子在處理過腹中的胎兒後，跑到比丘尼庵月修寺出家。清顯雖好幾次去找她，聰子卻因早已立誓不再與世俗的人見面，後來清顯因病亡故。《春雪》的內容交代到清顯以21歲的年紀死亡為止。
第二部《奔馬》情節，描寫清顯死後，事隔二十年，本多認識了原在松枝家擔任伴讀書生的飯沼茂之的兒子勳，認出勳的左側腹和松枝一樣有三個痣的本多，不禁懷疑他就是松枝清顯的轉世。只不過，勳雖沒有清顯的俊美，清顯則缺乏勳的雄赳赳氣概。深受「神風連」思想影響的勳，企圖一一殺害政界和財界腐敗元凶的要人，事跡敗露，再下手前遭逮捕。本多出面替他辯護，獲得釋放的勳，仍單槍匹馬襲擊要人，終於不得不自殺了結。
第三卷的《曉寺》內容，繼續從飯沼勳自刃以後寫起，事隔八年，那時，接受五井物產的央請，本多繁邦來到泰國首都曼谷。在通譯兼導遊菱川的安排下，見到泰國一位年滿七歲的公主，公主名叫仙杜拉芭，意寺是月光。她告訴本多：「其實我是日本人，上輩子住在日本，日本才是我的故鄉。」儘管本多一直想確定公主左側腹部是否有三顆痣，卻苦無適當的機會。
由於本多圓滿解決手頭上的訴訟案件，獲得前往印度旅行的獎勵機會。到了阿匠塔石窟，見到兩座瀑布，不禁令本多想起了松枝清顯的遺言：「你我將來必定會在瀑布下方重逢。」
遊歷了大半的泰國、印度，帶著不少的回憶回國後，本多開使研究輪迴轉世。不久，二次大戰結束，藉著民主新憲法的保障，從明治時代以來爭執不休的訴訟中，本多僥倖贏得龐大資產，過著舒適悠然的日子。他不僅在能仔細看清楚富士山的御殿場，建立別墅招客前來，也在富士吉田的淺間神社駕車兜風。
就在這時，本多邂逅了前來日本留學的月光公主。為了再度確認她身上的痣，某夜，本多邀請她到別墅，讓她和別墅的鄰居慶子同室。不料，本多發現他們二人沉溺秘戲，同時也發現了她的痣、過了一段時間，本多聽到她在自家庭園被眼鏡蛇咬中大腿，以20歲的年紀死亡的消息。
第四卷的《天人五衰》，內容則是根據佛教經典中所提，六道輪迴之一的天界眾生，平生所受福報將盡之際，自然會出現五種摔相；原本潔淨的衣裳會有塵垢、頭上華蔓枯萎，腋下出汗，身上光明消失，不樂本座。昭和45年，本多76歲，老伴早已不在世間。沒有子女承歡膝下的本多，經常快樂地一個人四處旅行。
本多偶爾心血來潮，帶著慶子到清水出遊，看看御穗神社和羽衣之松，回來途中順道到帝國通信社，碰到了年方16的通信員安永透。本多無意中發現正在揮舞手旗的安永透，左側腹部有三顆痣，於是就將他收為養子。
在安永透18歲那年，本多特地安排他和自己中意的百子相親。兩人雖然開始交往，但由於安永透的自尊心比常人強烈，遂不顧百子一心所託，雙方終於無法結成秦晉之好。安永透甚至還說「我發誓到了20歲要將父親推落到地獄去」，嚴重刺傷了本多的心。本多在忍無可刃的情況下，只有暗中祈禱安永透活不過21歲。
慶子察覺安永透的報復心理後，向他全盤托出本多之所以收他為養子的秘密。安永透大受震驚之餘，向本多借來松枝清顯的「夢的日記」一讀，閱後加以燒卻，並企圖自我了斷。最後雖然保住一命，卻從此失明，恰巧是安永透21歲的時候。
這時本多已是81歲的老人，為了表示他總算從安永透的自殺未遂事件中平復過來，他走訪奈良近郊的月修寺。當初，和松枝熱戀的綾倉聰子，獲知與治典王殿下的婚約已成定局後，與松枝走的更近，甚至獻出處女貞操，珠胎暗結之後，偷偷地把孩子處理掉，發誓從此不再與松枝見面，潛至月修寺常伴青燈。
在一片蟬鳴聒噪的月修寺，本多恍如隔世地見到了83歲的聰子。儘管本多熱情地告訴她，有松枝清顯的種種轉世故事，但聰子的一連串反問「誰是松枝清顯」、「我和他這輩子見過面嗎」等等，令本多不禁錯愕再三。如此說來，無論勳也好、月光也好、安永也好、甚至自己也好，全都成了部存在，換句話說，一切都是夢幻泡影、一切都是遙不可及的鏡花水月。
這部圍繞三顆痣為主軸發展的現代版輪迴轉世故事《豐饒之海》，除了不愧是三島一生嘔心瀝血的巨著，小說主人翁本多，在苟延殘喘、終其天年所得到的世界，與三島歷經奮鬥到達顛峰，在自殺前所得到的世界，結果卻是毫無二致的。如果硬要說，本多和三島之間的人生結局沒有甚麼差異的話，或許可以斷言本多其實就是另一個三島的縮影也未可知。
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