一本顛覆傳統，漫畫、劇本式直白呈現研究者研究歷程的書……
本書的研究方法清晰明確，闡釋健全的科學方法論和藝術，不僅可行，而且亦能講述讀者難以忘懷的生活故事。──拉帕契（Ben LePage, Ph. D., PWS），國立臺灣師範大學環境教育研究所特聘講座教授 強力推薦
告訴我知識，我會忘記；教導我知識，我只會記得；讓我深入其中，我才真正學到知識，並且能夠運用。──富蘭克林（1706～1790）
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從「非常」的研究，突破「常」的境界。──方偉達
「生命會找尋自己的出路」，這都是研究生需要學習的獨門武器。因為，研究雖然做完了，要修改程序也來不及。所以，在研究設計階段，如果可以發現設計上的缺陷提前修改，會比實驗都做完了才進行彌補會好得多。
細胞自噬，是一門諾貝爾獎得主的學問。從自噬的觀察研究可以發現，事前的實驗規劃比事後的實驗調整重要許多。
本書以「細胞自噬」為主題的闇黑研究過程談起，最後談到全球氣候變遷。在這個過程中，也呈現許多觀察法、調查法以及訪談法。
本書不同於傳統研究方法的寫法，因為學術研究有許多因為時空背景、人事物等無法言說或喜或悲的過程，因此我們說「闇黑」，這是研究者研究過程中許多不為人知的心路歷程。所以，書中還設計了虛擬大學、角色人物，搭配劇本式的漫畫、對話，輕鬆且嚴謹的呈現研究者研究過程中的所思所想及經歷。也是希望研究者從研究的泥沼中爬出來，因為這個世界已經夠悲傷了，我不希望大家太悲傷。
讀完全書你會發現，生活與學術中的研究是隨處都在的，無論是研究方法、研究思維、研究態度等，缺一不可。
作者簡介：
方偉達
現職
國立臺灣師範大學環境教育研究所優聘教授兼所長
國際濕地科學家學會（SWS）亞洲委員會主席
社團法人臺灣濕地學會理事長
中華民國環境教育學會常務理事
Wetlands（SCI期刊）副主編（Associate Editor）
學歷
美國德州農工大學生態系統科學暨管理哲學博士
美國哈佛大學景觀建築設計碩士
美國亞歷桑那州立大學環境規劃碩士
國立中興大學（臺北大學）地政學系法學士
經歷
拉姆薩濕地公約科學技術審查委員會觀察員
行政院環境保護署環境教育基金管理會委員
行政院環境保護署國家環境教育審議會委員
社團法人臺灣濕地學會理事長
國立臺灣師範大學環境安全衛生中心主任
國立臺灣師範大學環境教育研究所助理教授、副教授、教授
中華大學觀光與會議展覽學士學位學程助理教授
中華大學休閒遊憩規劃與管理學系助理教授
東海大學景觀學系所客座助理教授
國立臺灣大學建築與城鄉研究所兼任助理教授
國立臺南大學生態旅遊研究所兼任助理教授
哈佛大學中華民國學生聯誼會會長
行政院環境保護署環境教育科、環境影響評估科薦任科員
臺北縣三重地政事務所課員
考試
80年高考土地行政人員及格
88年教育部公費留學考試第一名（海岸濕地保護及復育學門）
著作
《闇黑研究方法》、《環境教育》、《人文社科研究方法》、《期刊論文寫作與發表》、《休閒設施管理》、《生態旅遊》、《國際會議與會展產業概論》、《節慶觀光與民俗》、《圖解–如何舉辦會展活動SOP標準流程和案例分析》、《圖解–節慶觀光與民俗SOP標準流程和案例分析》、《濕地工程與科學》（譯作）（以上均為五南出版）、《城鄉：生態規劃、設計與批判》（六合）、《聽，濕地在唱歌：城市的生態復育手冊》（新自然主義）、《生態瞬間》（前衛）（新聞局金鼎獎）。
榮譽
行政院農業委員會林業及自然保育有功人士、行政院新聞局金鼎獎、福特保育暨環保獎。Society of Wetland Scientists（SWS）領袖服務獎（2011 & 2017 President’s Service Award）、Wetlands（SCI期刊）年度最佳副主編獎（2015 Wilcox Award）。
網站
http://www.wei-ta.net
章節試閱
02
為什麼自噬很重要？
To die or not to die: that is the autophagic question.
死亡還是生存，是自噬的問題。
—克勒默（Guido Kroemer）／法國國家衛生研究院研究員
日本細胞生物學家大隅良典教授在2016年獲頒諾貝爾生理學暨醫學獎，他研究的細胞自噬（autophagy）現象，是探討細胞對於自己的胞器進行分解、回收的機制，其中英文autophagy來自於希臘語的「自我（self）」和「吃（eat）」兩字的結合。
細胞可以分成壞死跟好死。細胞死於非命，就叫壞死（necrosis）；如果慢慢而有計畫性的死亡，就是好死，如果好好的死，叫做凋亡（apoptosis）。
2002年諾貝爾生理醫學獎得主布雷內博士（Sydney Brenner, 1927∼2019）說，每個細胞都有其壽命，也有其階段性任務，當他們完成任務時，這些細胞會開啟一連串的死亡程式。
當細胞處於饑餓的狀態時，或是缺乏氧氣時，透過自噬作用分解蛋白質，使細胞免於因養分缺乏而造成損傷。此外，細胞自噬能幫助清除受損的細胞結構，防禦病毒和細菌的入侵。但不正常的細胞自噬機制，反而與癌症的發生有關。當年紀逐漸衰老的時候，「自噬」功能降低，也會觸發多種疾病的生成。
大隅良典的實驗法
大隅良典教授開始研究酵母液胞，他自己問自己：「難道酵母液胞只是一個細胞廚餘場」？他也會問：「為什麼液胞會長的這麼大」？
在植物中，液胞佔細胞的90%以上。酵母菌都具有「液胞」，主要儲藏一些營養物質，例如糖、酸、離子，或是蛋白質，另外還有調節滲透壓的作用，防止代謝廢物、色素、生物鹼，或是抑制劑的入侵。
大隅良典決定用酵母菌，來幫助他研究細胞自噬的過程。不過他卻發現酵母菌太小了，很難在顯微鏡下觀察，所以剛開始根本無法確定在酵母菌中真的有「自噬作用」。他想，如果不能直接觀察，有沒有其他方法能間接證明酵母菌細胞中有「自噬作用」？於是，他先培養了一群沒有「蛋白質分解酵素」的突變型酵母菌的「液胞」，當細胞自己感受到異常的蛋白質，防禦措施就產生了，細胞的胞器會被一種特殊雙層膜結構的「吞噬泡」包起來，形成了囊泡，這一種囊泡稱為「自噬體」（autophagosome），最後會和「溶酶體」融在一起，然後被水解酶分解掉了。大隅良典就是要阻止這一種分解過程，也許當細胞「自噬作用」啟動時，「自噬體」便會累積在液胞內，應該就可以利用顯微鏡來觀察了。
於是，他用「饑餓」的方式讓細胞自噬，液胞中充滿了沒有被降解的「自噬體」。大隅良典在1992年發表了這個重大的突破。
02
為什麼自噬很重要？
To die or not to die: that is the autophagic question.
死亡還是生存，是自噬的問題。
—克勒默（Guido Kroemer）／法國國家衛生研究院研究員
日本細胞生物學家大隅良典教授在2016年獲頒諾貝爾生理學暨醫學獎，他研究的細胞自噬（autophagy）現象，是探討細胞對於自己的胞器進行分解、回收的機制，其中英文autophagy來自於希臘語的「自我（self）」和「吃（eat）」兩字的結合。
細胞可以分成壞死跟好死。細胞死於非命，就叫壞死（necrosis）；如果慢慢而有計畫性的死亡，就是好死，如果好好的死，叫做凋亡...
作者序
推薦序
當方偉達教授希望我為這本書寫推薦序時，我謹想到我的好朋友、同事，以及兄弟偉達對我的信任。我們於 2011 年在布拉格舉行的國際濕地會議上相識，我強烈感受到圍繞著我們在教學、研究，以及生活的理念的一拍即合。從那時起，我們一直討論新的研究想法，到現在我在臺北擔任客座教授，和偉達共事。我想，他是最適合寫這本書的人選，因為他的學位和工作經歷涵蓋了各項主題。偉達學歷包括了國立臺北大學（國立中興大學法商學院）地政系法學士、美國亞歷桑那州立大學環境規劃碩士、哈佛大學景觀建築設計碩士，以及德州農工大學生態系統科學與管理哲學博士。他曾經在政府和學術界工作，自2011年起擔任國際濕地科學家學會亞洲主席，最近當選為「社團法人台灣濕地學會」理事長。
我想不出其他更有經驗的人可以來撰寫這本書。
這本書定名為《闇黑研究方法》，是一個基於科學和歷史，攸關氣候變遷辯論的故事。故事情節圍繞著來自波士頓地區，一位貌似愛因斯坦的教授莫思因博士，以及他在個人生活和職業生涯中所面臨挑戰的故事。他的故事在學術界並不是獨一無二的，作為一位學者，我們都可以與我們在研究所的職業生涯中，經歷類似情況的故事情節。
我們甚至還記得，本書人物情節會讓我們想起謝爾頓、拉杰、雷納德，以及霍華德式的同事。這是一本類似電視節目《生活大爆炸》（另譯：《宅男行不行》）的印刷插圖版書籍。
在這個故事中，莫思因教授經常與妻子為了細胞自噬理論爭論不休。這種理論是由 2016 年獲得諾貝爾生理醫學獎的日本細胞生物學家大隅良典博士所提出的。「自噬」是人體為了消除死細胞、舊細胞，或是弱細胞，並且再生新的健康細胞的方法。莫思因博士的妻子堅信這一概念，自從提出這一種假設以來，這對夫婦就進行了多次激烈的辯論。莫思因博士顯然有種不同的感受。此外，加諸在莫思因身上的問題，包含了世界目前正在經歷的全球變化、新冠肺炎疫情的問題，以及始終存在的大學政治議題。莫思因博士擔任所長，但是在大學校長的一聲令下，被他以前的研究生所取代所長職。這些問題壓力，都融入了本來就充滿緊張的家庭生活之中。本書點出了背叛、愛情，以及在學術環境中醞釀的友誼。
有人可能會問，為什麼這些故事很重要呢？因為偉達和我都是科學哲學和健全科學的愛好者。對於大多數人來說，這些概念可能看起來就像平衡您的支票簿，或是只是一種學習統計數據。但是身為教育工作者，我們有責任向社會大眾展示和解釋複雜的科學思想、為何這很重要。我還是需要提醒社會大眾，科學家只是遵循一系列規範和價值觀社群中的一份子。
有時改變現狀的新想法或是假設，通常不會受到社會大眾，甚至是科學界的青睞。這並不表示上述這些想法是錯誤的，或是太瘋狂，而是社會還沒有準備好以不同的方式思考接受新的想法。因此， 方教授寫這本書的方法清晰明確，闡釋健全的科學方法論和藝術，不僅可行，而且亦能講述讀者難以忘懷的生活故事。
我們都熟悉「一張圖抵上千言萬語」。本書擁有 687 幅插圖，講述的故事會在學術界引起了共鳴，但對一般社會大眾來說，似乎有一點難以置信。作者遵循了一種閱讀圖畫小說的風格，以故事的寫作模式，闡述遵循合理科學實踐的重要性，以及我們在學術生涯中學習到的科學過程。這本書涉及到權益關係人參與、有效溝通、社會規範，以及價值觀等層面議題，說明教學法不必侷限於類似於羊皮紙的教科書，以及教師的筆記。
接下來我們可以討論這本書，以及為什麼偉達是撰寫這本書的最佳人選。
2022 年 1 月 27 日誌於臺灣臺北市
推薦序
當方偉達教授希望我為這本書寫推薦序時，我謹想到我的好朋友、同事，以及兄弟偉達對我的信任。我們於 2011 年在布拉格舉行的國際濕地會議上相識，我強烈感受到圍繞著我們在教學、研究，以及生活的理念的一拍即合。從那時起，我們一直討論新的研究想法，到現在我在臺北擔任客座教授，和偉達共事。我想，他是最適合寫這本書的人選，因為他的學位和工作經歷涵蓋了各項主題。偉達學歷包括了國立臺北大學（國立中興大學法商學院）地政系法學士、美國亞歷桑那州立大學環境規劃碩士、哈佛大學景觀建築設計碩士，以及德州農工大學生...
目錄
推薦序（中文） (3)
推薦序（英文） (5)
開場白 (7)
卷首語 (11)
背景說明 (12)
起手式 1
PART 1 山海經
第一章 學術獵奇 5
第二章 實驗室中 57
第三章 推論的過程 105
第四章 大自然的實驗室 149
PART 2 戰國策
第五章 西方邏輯 191
第六章 批判之源 207
第七章 省思研究 227
第八章 迎向未知的領域 281
尾聲 304
附錄一 解釋名詞 306
附錄二 氣候變遷的學科分析 310
附錄三 科技整合分析 312
附錄四 你有多大的大數據？ 314
推薦序（中文） (3)
推薦序（英文） (5)
開場白 (7)
卷首語 (11)
背景說明 (12)
起手式 1
PART 1 山海經
第一章 學術獵奇 5
第二章 實驗室中 57
第三章 推論的過程 105
第四章 大自然的實驗室 149
PART 2 戰國策
第五章 西方邏輯 191
第六章 批判之源 207
第七章 省思研究 227
第八章 迎向未知的領域 281
尾聲 304
附錄一 解釋名詞 306
附錄二 氣候變遷的學科分析 310
附錄三 科技整合分析 312
附錄四 你有多大的大數據？ 314
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