生物資訊學－電腦技術

前言

譯序

第一部分 簡介

第一章 資訊時代的生物學

電腦如何改變生物學？
生物資訊只是建立資料庫而已嗎？
生物學帶給資訊科學家什麼樣的挑戰？
生物資訊學家應該具備什麼技術？
為何生物學家需要電腦？
如何設定 PC 來進行生物資訊研究？
有哪些可用的資訊和軟體？
我可以不上課就學會一種程式設計語言嗎？
我該如何使用網路的資訊？
我如何瞭解序列排比資料？
我如何撰寫程式來比對兩個生物序列？
我如何從序列資料預測蛋白質結構？
生物資訊能夠回答什麼樣的問題？

第二章 應用電腦解決生物學的問題

分子生物學的中心法則
生物學家的模型
為何使用生物學者的模型？
本書所涵蓋的電腦資訊學方法
計算生物學實驗

第二部分 生物資訊工作站

第三章 建立你的工作站

在 Unix 系統上工作
設立 Linux 工作站
如何使軟體正常運作
那些軟體是必需的？

第四章 Unix 系統中的檔案與目錄

檔案系統的基礎
處理目錄與檔案的命令
在多人的環境下作業

第五章 在 Unix 系統下工作

Unix Shell
在 Unix 系統上下達命令
檢視與編輯檔案
轉換與過濾器
檔案統計與比較
正規表示式的語言
Unix Shell Script
與其他的電腦溝通
在共享的環境中，與其他使用者和平共處

第三部分 生物資訊的工具

第六章 全球資訊網中的生物研究資源

使用搜尋引擎
搜尋科學論文
公用生物學資料庫
搜尋生物資料庫
將資料登錄至公共資料庫
尋找軟體
評斷資訊的品質

第七章 序列分析、逐對序列排比、及資料庫搜尋

生物分子的化學組成
DNA 及 RNA 的組成
Wason 和 Crick 解出 DNA 結構
DNA 定序方法的發展
基因搜尋器（Genefinder）與 DNA 的特徵偵測
DNA 轉譯
逐對序列比較
以序列查詢生物資料庫
多功能的序列分析工具

第八章 多重序列排比、親緣樹、與 Profile

由形態分類到分子序列分析
種屬親緣分析
Profile 與 Motif

第九章 蛋白質結構的視覺化與結構特性計算

關於蛋白質結構資料的幾句話
蛋白質化學
Web 介面的蛋白質結構工具
結構視覺化
結構排比
結構分析
溶劑作用性與交互作用
計算理化特性
結構最佳化
蛋白質資源資料庫
整合方案

第十章 由序列預測蛋白質的結構與功能

決定蛋白質的結構
預測蛋白質的結構
蛋白質序列的特徵偵測
二級結構預測
預測立體結構
整合方案：蛋白質模型建立計劃

第十一章 基因體學與蛋白質體學的研究工具

由基因定序到基因體定序
序列組合
從 Web 上取用基因體資料
註解與分析全基因體序列
功能基因體學：新的資料分析挑戰
蛋白質體學
生化途徑資料庫
動力模擬與生理學
總結

第四部份 資料庫與視覺化

第十二章 利用 Perl 進行自動化資料分析

為何使用 Perl？
Perl 基礎知識
樣式比對以及正規表示式
利用 Perl 分析 BLAST 的輸出
將 Perl 應用到生物資訊

第十三章 建立生物學的資料庫

資料庫的類型
資料庫軟體
SQL 入門
安裝MySQL 資料庫管理系統
資料庫設計
開發與資料庫互動的 Web 式軟體

第十四章 視覺化與資料採擷

準備數據
檢視圖形
序列資料的視覺化
網路與途徑的視覺化
數值資料的處理
資料採擷與生物資訊

參考書目

索引

前言

譯序

第一部分 簡介

第一章 資訊時代的生物學

電腦如何改變生物學？
生物資訊只是建立資料庫而已嗎？
生物學帶給資訊科學家什麼樣的挑戰？
生物資訊學家應該具備什麼技術？
為何生物學家需要電腦？
如何設定 PC 來進行生物資訊研究？
有哪些可用的資訊和軟體？
我可以不上課就學會一種程式設計語言嗎？
我該如何使用網路的資訊？
我如何瞭解序列排比資料？
我如何撰寫程式來比對兩個生物序列？
我如何從序列資料預測蛋白質結構？
生物資訊能夠回答什麼樣的問題？

第二章 應...