第一捲
風門
明風篇
傷風
中風
喑痱
瘟疫門
明疫篇
頭面腫
火熱門
明火篇
外內君相篇
病機篇
論熱在血氣之分
論五臟有邪身熱各異
論表裡 ​​熱
論雜病發熱惡寒與傷寒不同
惡寒非寒惡熱非熱論
第二卷
暑門
明暑篇
註夏
解人亦
濕門
明濕篇
燥門
明燥篇
燥本風熱論
論結燥病本不同
寒門
明寒篇
中寒
寒中
背寒
身前寒
惡寒
第三卷
頭痛門
頭痛
頭重
頭風
雷頭風
大頭病
面門
頰車病
目門
外障
內障
鼻門
鼻息肉
鼻鼽鼻淵
耳門
耳聾耳鳴
耳腫痛
口門
唇
舌門
齒門
咽喉門
喉痺
梅核氣
第四卷
腹痛門附：水鳴小腹痛
腹痛
腹中水鳴
小腹痛
脅痛門
脅痛
心痛門
心痛
胸滿胸痛胸痺
蟲痛
嘔吐噦門
嘔吐噦
嘔吐膈氣總論
胃風
噁心
嘔苦水
嘔沫
嘔膿
嘔長蟲
傷酒嘔吐
嘔吐清水
噎膈
腰痛門
腰痛
第五卷
水腫門
水脹通論
水腫
論水氣證治大法
論生死脈法
《脈經》敘諸水形症
仲景治水大法
脹滿門一名臌脹
臌脹說
蟲蠱
痞氣門
第六卷
吐酸門
論吐酸屬熱
論雜病吐酸與病機外邪不同
辯《素問》東垣論酸不同
停飲門
痰飲門
怔忡驚悸門
心澹澹動
怒
善太息
恐
善悲
第七卷
咳嗽門
臟腑皆有咳
論咳與嗽本一證
論嗽分六氣無熱無寒
論濕痰生嗽
乾咳嗽
食積痰嗽
食飽咳嗽
醋嗆咳嗽
酒熱傷肺咳嗽
痰嗽
肺脹
暴嗽失音
久嗽
妊娠咳嗽
喘門
氣短氣促少氣
喘與短氣辨
產後喘
哮門
肺痿
肺癰
第八卷
瘧門
瘧母
瘧脹
產後瘧
泄瀉門
洩痢
洩痢辨
痢門
滯下亦有挾虛挾寒
裡急後重有寒熱虛實及在氣
在血之異
發熱
令氣及時疫痢
身重
腹痛
白膿
赤膿
治赤白痢
純鮮血
紫黑血
臟毒下血
豆汁
洩痢作嘔
噤口痢
下痢吃逆
下痢大孔痛
痢疾肛脫
虛坐努圊
痢而小便少
糟粕不實
久痢滑洩不固
休息痢
蟲痢
瘧痢
不治症及危症
胎前痢疾
產後痢
第九卷
氣門
血門
諸見血症總論
嘔吐血
咳血
咯血唾血痰涎血
鼻衄
產後鼻衄
齒衄
舌衄
肌衄
小便血
下血
九竅出血
中蠱下血
金瘡出血
第十卷
虛怯虛損癆瘵門
總論
辨《明醫雜著》忌用參芪論
虛損治法
論精氣奪則虛
論形氣不足有餘用補瀉法
癆瘵
傳屍癆
方外還丹
第十一卷
鬱證門
痿證門
痿
論治痿獨取陽明之旨
腳氣門
腳氣
腳氣沖心為厥逆
白濁門
夢遺門附：精滑不禁
汗門附：頭汗手足汗無汗
頭汗
手足汗
無汗
消癉門
口燥咽乾
第十二卷
痺門
論四時受痺源流，刺痺穴法
引《靈樞》《素問》論痺
行痺治劑
痛痺
肩背痛附：臂痛
著痺治劑麻木同
鶴膝風
攣
虛攣
一身盡痛
產後身痛
第十三卷
內傷門
傷飲傷食
傷酒
傷食
不能食
積聚門
論婦人腸覃石瘕
積聚論
第十四卷
癲狂癇門
明癲症
明狂症
明癇症
顫振門
瘈瘲門
痓門附：勞風
痓痙辯
勞風
不得臥多臥門
不得臥
多臥
煩躁門
健忘門
第十五卷
秘結門
大小便不通
小便不通門
癃門
淋閉餘論
遺溺門
小便不禁
溺赤
閉癃遺溺不禁辨
脫肛門附：截腸病
前陰諸疾門
陰縮陰縱
陰痿陰汗陰冷陰臭
陰腫陰痛陰吹
癲風
疝氣門
第十六卷
霍亂門
霍亂
轉筋
中惡客忤門
欬逆門
噫門
下氣門
下氣
漏氣走哺
嘈雜門
眩暈門
暗門
舌喑喉喑
胎前產後喑
疸門
厥證門
論吐法
第十七卷
傷寒門
熱論
仲景傷寒例
陶節庵辨仲景傷寒論
傷寒至捷法
十勸歌
治傷寒看證法則
辨表里中三證
辨陰陽二證
太陽六傳
太陽證
太陽頭痛
治太陽則不可越經
問桂枝湯發汗
太陽禁忌不可犯
太陽證亦有當汗不當汗者
當汗而不汗生黃
……
第十八卷
痰證
傷食
虛煩
腳氣
論傷寒用藥法則
陰經用藥格法
治傷寒看證大略
《一提金》脈要
《截江網》論脈
《傷寒撮要》論脈
經圖正治法
煎藥法
劫病法
製藥法
第十九卷
藥誤傷人
病人應死證
望色
聞聲
問因
切生死形狀六經六絕脈
傷寒不可發汗
傷寒發汗不出熏法
傷寒汗出不住止法
傷寒可吐
傷寒不可吐
傷寒吐不出探法
傷寒吐不住止法
傷寒不可下
傷寒小便不通熏法
傷寒胸膈不寬熨法
妊娠傷寒護胎法
到傷寒病家不染病法
用藥寒溫合宜論
妊娠傷寒禁忌藥
蒸臍法
熨臍法
中寒
……附：孫一奎醫學研究論文題錄

第一捲
風門
明風篇
傷風
中風
喑痱
瘟疫門
明疫篇
頭面腫
火熱門
明火篇
外內君相篇
病機篇
論熱在血氣之分
論五臟有邪身熱各異
論表裡 ​​熱
論雜病發熱惡寒與傷寒不同
惡寒非寒惡熱非熱論
第二卷
暑門
明暑篇
註夏
解人亦
濕門
明濕篇
燥門
明燥篇
燥本風熱論
論結燥病本不同
寒門
明寒篇
中寒
寒中
背寒
身前寒
惡寒
第三卷
頭痛門
頭痛
頭重
頭風
雷頭風
大頭病
面門
頰車病
目門
外障
內障
鼻門
鼻息肉
鼻鼽鼻淵
耳門
耳聾耳鳴
耳腫痛
口門
唇
舌門
齒門
咽喉門
喉痺
梅核氣
第四卷
腹痛門附：水鳴小腹痛
腹痛
腹中水鳴
小腹痛
脅痛門...