原《醫方類聚》（校點本）曾在日本刊行，當時因該國的需要，編寫了《醫方類聚。索引》，為單獨一冊，但國內尚未付梓。為了便於讀者檢索，進一步提高《醫方類聚》編校質量，特對原《醫方類聚。索引》作了重編。茲將編寫本書方劑、病證和書名索引的體例和方法說明如下：
　　一、方劑索引
　　1.本索引所列方劑範圍，僅限於本書中所輯之標有方劑名稱者。至於只有主治等無方名以及僅標明“又方”、“驗方”等難以考證方名或命名者，均不列入。
　　2.本索引所列方名均與本書正文中之方名一致。
　　3.本索引按方名首字筆劃多少為次序排列，每一方名之後註明本書收載本方分冊序碼、卷次、分冊頁碼等。同一筆劃按筆順（一丨丿丶乛）排列；首字筆劃相同按第二宇筆劃多少為序；第一、第二字筆劃相同按第三字筆劃多少為序；第三字筆劃相同以及第三字以上相同者，以此類推。
　　4.同一方劑，僅首見者列有方名，餘均按本書所見先後順序列分冊序碼、卷次、分冊頁碼。
　　5.同一方名，見於同一分冊、同一卷次、不同頁碼者，每一頁碼後加逗號分隔；同一方名，見於同一分冊，不同卷次者，頁碼後加分號分隔；同一方名，見於不同分冊者，均按分冊順序，另起一行排列。
　　6.凡書中只列方名，並無組成、劑量等，而原註有“方見××門”者，仍按前例註明本書卷次、分冊序碼、分冊頁碼。
　　7.同一方而名稱不同者，或一方多名者，或主治、組成、劑量雖同，但因出處不同而方名不同者，或因藥名寫法不一而致方名有異者（如黃芪湯與黃耆湯，蓽撥散與蓽茇散等）均作為單獨方列入，以利於檢索。
　　附體例：
　　人參湯1／10／279，280；11／291，293 3／58／370，372
　　註釋：“1、3”為分冊序碼；“10、11、58”為卷次；“279 、280、291、293、370、372”為分冊頁碼。
　　二、病證索引
　　1.本索引所列病證範圍，僅限於本書中所輯之見於目錄以及正文中列為標題者。至於文中出現之病證名稱凡不屬於前項者均不列入。
2.為了便於檢索，本索引每病證後註明本書收載本病證分冊序碼、卷次、分冊頁碼等。同一病證見於不同之處者，按所見文獻先後順序連貫排列，中間以分號表示。
3.本索引病證按首字筆劃多少以及筆順排列（與方劑索引同）。
4.同一病證而名稱不同者，或一病多名者，均作為單獨病證名列入，以利檢索。
5.同一病證，僅首見者列有病證名，餘均按本書所見先後順序列分冊序碼、卷次、分冊頁碼（排列方式與方劑索引同）。
　　6.原書標題往往病名和證治相連在一起，如“咳嗽證治”、“留飲諸方”等，對此只取“咳嗽”、“留飲”等病證名稱而其餘文字則不予收錄。
附體例：
牙痛4／71／213，215；72／262
註釋：所示與方劑索引同。
三、書名索引
1.本索引所列文獻範圍，僅限於本書中所輯文獻內容之見於目錄者。至於散見正文及方劑中之文獻名稱均不列入。
2.本索引按文獻名稱首字筆劃多少為次序排列。
3.同一文獻，僅首見者列有文獻名。餘均按本書所見先後順序列分冊數碼、卷次、分冊頁碼（排列方式與方劑索引同）。
附體例：
三因方1/25/702，708，713，724；26/742，749
註釋：所示與方劑索引同。

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