萬本雖然晚於金蓋本，但保留著更多原始信息(如序跋的完整)，所以本次點校以萬本為底本，萬本未收而金蓋本已收的書，一併增入。 按閔一得之意本應收入但此兩本都未收的書，此次點校不收。
萬本所收《碧苑壇經》、《清規元妙》為道士王桐生所刻，錯字較多，故此二種以金蓋本為底本。
本次點校採用的底本，萬本系收入《道書集成》第四十． 五、四十六、四十七冊的影印本，內容完整，與四川大學所藏刻本比較只是書目編次微有調整。 金蓋本是收入《藏外道書》第十址． 的本子，並請朋友從上海圖書館拍了原刻本的相關照片，這是同一本子，只是《藏外道書》把絕大多數的頂批刪節掉了。 丁本是從網上郵購到的北京師範大學圖書館文獻編輯室影印《道藏續編》的複印件。

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