本地理圖集分為九章。第一章主要為中國生物多樣性的總論和綜述；第二章包括我國的一些基礎底圖，例如行政區劃、地理區劃、地形、流域、主要生境類型以及中國的保護地等；後面幾章則根據物種的類型進行劃分，分別為陸生脊椎動物、陸生無脊椎動物、陸生植物、內陸水生動物的各具體類群以及各具體綱或目的豐富度地圖，同時還包括各類群中受威脅物種和特有種的分佈格局；海洋物種因為分佈範圍大，分佈資訊不準確，因此在本地理圖集中未納入：另外，還分析了各類群物種在中國不同生物地理區劃的分佈情況以及一些受威脅因素；最後根據物種的分佈狀況以及中國的保護區等資訊。提出了中國需要優先進行保護的地區

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