從本質上說，中西藥作用於人體，皆通過影響機體的生理、生化及病理等環節發揮效應，治癒疾病，因而構建中西藥結合學術體系是可行的。但是，要將通過兩種不同發展途徑、發展模式、發展背景下形成的學術體系有機結合，其過程相當艱巨。目前的難點有二：一是傳統中藥學理論的現代化，由於傳統中藥學理論並不是在現代科學背景下產生的，要闡明其科學內涵需要付出艱辛的努力；二是中藥學體系的複雜性，中藥的主要資源是天然產品，結構複雜，再加之配伍成複方，其成分更為複雜，要找到解決複雜科學問題的途徑和方法，逐步解決這個關鍵課題。構建中西藥結合體系需分步實施，整體推進。

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