《針灸甲乙經》全書十二卷，共一百二十八篇，其內容大致為：卷一論臟腑、氣血津液，卷二論經絡，卷三論腧穴，卷四論脈診，卷五論刺灸法，卷六論病因病機，卷七至卷十二論臨床各科疾病的針灸治療。如此按基礎理論、經絡腧穴、診斷、刺灸操作、臨床治療的編排次序，系統而有條理，對後世影響甚大。唐代《千金要方》、《外台秘要》等有關針灸的內容多取材於此書，北宋官頒針灸腧穴專書《銅人腧穴針灸圖經》也以本書第三卷為基礎加以擴充而成。在唐代及稍後的日本、朝鮮等國醫事律令中，本書均被列為中醫學之必修教材。足顯其在中醫學中的經典地位。
《針灸甲乙經》經由北宋校正醫書局校勘，南宋以後刊刻較少。後世傳本皆據北宋校定本。現存最早刊本是明萬曆吳勉學校勘的《醫學六經》本。此本於萬曆二十九年(1601年)收入吳勉學校勘的《古今醫統正脈全書》中，清以後有十餘種刻本，建國後又有影印本刊行。但後​​各家印本均以《醫統正脈》本為祖本。此次校注工作亦以明刊《醫統正脈》本影印本為底本。

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