兩種政治原理之爭
我認為最能用來貫串《待訪錄》各篇大義的是兩種政治原理之對立，而他之所以敢在全書的第一句就說這本書是想說清楚何以「三代以下有亂而無治」這個大問題，是因為他掌握了這個欛柄：究竟三代以後的君臣關係、制度設計、法律、兵制……等林林總總的議題，是從哪一種原理出發的，是「以天下為天下之天下」這個原則出發，還是從以天下為帝王之私產出發的？
黃宗羲回答這個問題最直接的答案，是認為被他理想化了的「三代以上」與「三代以下」，是兩種政治原理之爭：一種是天下是天下之天下，是公的、萬民的、百姓的，並從此原理出發去思考、規畫一切制度。在《待訪錄》中對君臣、方鎮、封建、法律等重大問題的新思考，都是從這個原理出發的。與它相對的是「三代以下」之原理，即以天下為帝王「一家之私」為出發點的思考，對一切事物防之又防、密之又密，而最後歸於無效。正因為兩種政治原理截然相異，所以黃宗羲要求全變，而不是小小變革，要求有治法而後有治人，即要從原理出發，重新檢視兩千年來一切的政治設計與政治實踐。
一切從國家而非從君之私產出發
就從基本原理的差異，產生了重大的不同，譬如他認為「君」與「天下」、「國家」不能等同為一，而且「天下」、「國家」優先於「君」，又因為「天下」、「國家」是由許許多多百姓所構成的，所以「百姓」又優先於「君」。在《原君》與《原臣》篇中，黃氏提出一個類似我們現代人所了解的股份公司的國家觀，這個看法在晚清經梁啟超（1873～1929）等人進一步擴張詮釋而盛極一時，他們主張君王是總經理，全國國民才是業主或董事長。
在這種國家觀中，臣與君是分工的關係，故臣不是為君曳木之人，而是「君與臣共曳木之人」也（《原臣》）。臣的工作不是君之所授，而是以其才能與君合作共同為國家服務。故臣道是公的，非私的，臣是君之「師友」。
在法律方面，法究竟是君王之家所擁有還是天下人所共有，也是一個重大的不同。因為三代以下之法是一家所擁有，所有法條的內容及重點，往往是為了保護君主一己之利益而設，而不是為天下人共有之秩序而制定。所以黃氏說「天下之法」與「後世之法」相對，「後世之法」是「藏天下于筐篋者也」（《原法》），天下之法是「刑賞之權，不疑其旁落」（《原法》）。
《置相》篇最開頭一句「有明之無善治自高皇帝罷丞相始」，是傳誦久遠的斷語。黃氏認為「廢相」問題之所以值得再三討論，除因它確實是明代政治的一個重大分水嶺外，還因為它牽涉到一個基本的政治原則。黃氏說天子之子不皆賢能，賴賢相加以補救，明代廢相，則連必要的補救機制都沒有了。而且，這個議題與前面提到的「公天下」或「家天下」之分別有關。如果以天下為一家之「私產」，便會產生一種矛盾心理，既要宰相幫忙處理大政，卻又不願宰相「分享」其大權，但是如果以天下為天下之天下，則就不會有上述的矛盾。黃氏又說如果以國家為天下所公有，則不會像三代以下之各個朝代視天子之位為「天」，以為君民之間是「天」、「澤」之別，故他強烈地說天子只比宰相高一階，不是到了天子便截然沒有等級，這一點與《日知錄》中的討論相近。在帝制中國，這是何等大膽的言論！此外，他認為只有公天下的想法。帝王也不可能有「遂謂百官之設所以事我」（《學校》）這樣狂妄的想法。
從政治制度之設計也可以看出重大的分歧，三代之封建是「天下」的，三代以下「郡縣」制度則是為帝王一家的。為了國家整體的利益，在軍事要地設「方鎮」，並容許鎮帥世守其地，傳之子孫，世代相守。他說「封建」之害是王命不行，而郡縣之害，是戰爭之害無已，欲去兩者之弊，是在沿邊設方鎮，可以「以一方之財自供一方」，而不必等到事起時「竭天下之財供一方」。這是在以「天下」為「天下之天下」的思維下才可容忍之設計。如果以天下為帝王一家之私產為出發，則「外有強兵，中朝自然顧忌」（《方鎮》），國中有國，在國中容許「方鎮」這種強大的半獨立勢力是不可想像的。
以資源的調取為例，如果以天下為天下人之天下，則「山澤之利」絕非帝王之家的私產，也就不能禁止人民取山澤之利。
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