99年度海洋國家公園管理處完成東沙管理站辦公廳舍啟用,作為發展東沙環礁國家公園為永續生態島的基地,建立政府機關與學術研究機構之合作機制,奠定東沙環礁國家公園海洋生態保育工作基礎,並以有限的人力,分組進行澎湖南方四島、北方三島、蘭嶼及綠島設立潛在海洋型國家公園之可行性評估。另積極推動海洋資源保育宣導與環境教育工作,透過戶外體驗的環境教育方式,使海洋保育觀念能在校園紮根。
「海洋國家公園管理處99年年報」系將海洋國家公園管理處99年度之工作成果彙整成冊,亦是政府推動海洋保育及環境教育作為之呈現,並作為未來推動建構完整海洋國家公園系統,落實海洋國土保育與復育政策參考。