傅斯年圖書館藏書近九十萬冊，而十八萬餘冊的古籍線裝書素為學界所矚目。近年來，館內與所方同仁一直都有多項圖書研究計畫進行中，冀能提供研究者更便利的學術資源。

館藏稿本、鈔本計1,400餘部，其中集部225部。2014年在院方經費的支持下，特選印坊間未見或罕見的集部古籍稿本、鈔本34部。

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