魔法正式成為現實的技術，已經將近一個世紀。進入二○九六年度，司波兄妹都升上二年級。達也進入新設的魔法工學科，深雪也接任副學生會長。在新年新氣象當中，原本以為一片平靜的學園生活，卻因為各有特色的新生們，又將再掀波濤──黑羽家的孩子們，亞夜子與文彌，來拜訪司波兄妹。經由他們告知而得知有國家層級的陰謀開始蠢蠢欲動的達也與深雪，逐漸被捲入前所未有的諜報戰中──負責「入學篇」與「九校戰篇」的きたうみつな，將原作小說第12集的故事改編漫畫第二卷！

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