這時，天空的景象變更了，日軍第一次攻擊隊的戰鬥機和轟炸機，不再像蜂群般，在空中嗡嗡然盤旋，除開少數幾架迷失歸途的飛機外，其他都飛返各自的航空母艦。
它們沒有採取大編隊飛行，而是每一單位完成任務以後，在歐胡島西北三十六公里的一點會合。轟炸機在那裡盤旋，帶走那些在等候著的戰鬥機―戰鬥機的無線電機比較差，也沒有領航員，很容易在海洋上空迷失方向。―引導他們飛回航艦。
為了不使美國飛機跟蹤他們，發現「機動部隊」的所在位置，運用了極為精巧的欺敵戰術。「我是從『飛龍號』起飛的部隊，採取一條誘敵的航線折回母艦。 」山本貞雄大尉說，他是淵田高空水平轟炸機的一名觀測員：「我們從歐胡島向西飛，飛到八十公里外再轉向北方；事實上我們以為迷失了，當時我很耽心。」
海軍一等飛行士森拾三，是「蒼龍號」魚雷轟炸機的駕駛員，他敘述道：「為了隱匿我們航艦的位置，我們奉令改變方向，航向正南方，恰恰與『蒼龍號』實際位置相反。」
魚雷轟炸機最先脫離作戰地區，他們投過魚雷，飛行員找到一架戰鬥機護航，便飛往集合點。這一戰幸而是東風，給了他們理想的攻擊情況。炸彈命中的濃煙，和防空砲火的煙霧吹過福特島，從東低飛來的魚雷轟炸機飛行員，目標看得清清楚楚。假如是西風，煙霧就會吹向他們眼前，黑煙會掩置了目標所在了。他們轉向北飛時，記下了重創美國艦隊的戰績。
俯衝轟炸機也能心滿意足了，大約在上午八點十分時，高橋赫一大尉用無線電報告「機動部隊」：「轟炸福特島、希康、及惠勒機場，予敵以重創。」他的損失只有一架俯衝轟炸機。
零式戰鬥機僅僅損失了三架，他們的突襲，予美國陸軍航空隊以致命的打擊。在貝洛斯機場，少數美國驅逐機企圖起飛，正滑行準備離地時，零式機很快便把他們擊落了。
淵田美津雄是高空水平轟炸機的領隊，他訓練部下時，要求有最佳精度，每架飛機只能投下一枚炸彈，投下一定要命中。「沒有一枚炸彈，是可以漫不經心丟下去的，」他曾經告訴部下：「必要的時候，要在目標上空，飛兩次、三次、乃至四次轟炸航路。」他們堅決保證貫徹他的要求，淵田本人在「加利福尼亞號」上空，飛了三次轟炸航路才投下炸彈。
淵田不像別人，他繼續在歐胡島上空盤旋，來判斷損害的狀況，因為他切望帶回一份完整的報告。這時，防空砲火―尤其是艦上和船塢地區一帶，已經相當猛烈，很難穿透遮蔽的煙雲看到下面；淵田卻百折不撓地飛來飛去，判定損害情形。
淵田美津雄的任務是親眼確認戰果，足以讓美國太平洋艦隊在六個月內不能駛出珍珠港，好確保日本攻佔東南亞的油源。
第一次和第二次攻擊隊都返航後，他還留在歐胡島上空，躲在雲中遠眺下界情況。珍珠港濃煙衝天，很難看清狀況，唯一清楚沉沒的，是「亞利桑那號」，其他主力艦都沒有沉，而且因為水淺，很難分辨究竟是沉是浮！
淵田自己的座機後部被防空砲彈擊中一個大洞，一根操縱索打爛了三分之二，但是他仍執拗地留在珍珠港上空三個小時，結果判斷擊沉主力艦四艘、重創四艘，之後，還引領第二次攻擊隊留下的幾架戰鬥機，飛回母艦「赤城號」。
八點五十五分，淵田聽到第二次攻擊隊的飛機飛越歐胡島東面上空，發出了攻擊訊號，他看見剛剛到達的轟炸機正飛過歐胡島，曾想對第二批飛機指示目標，但是這批飛機正在執行任務，使這項命令大可不必。
淵田飛回「赤城號」時，覺得非常滿意，他無法預見他對美國海軍地地霹靂般猛擊的最後結果：驚醒了一個酣睡的巨人，因而無可挽救地，改變了日本歷史的途逕；當時，他根本就沒有想到過。
「機動部隊」司令官南雲忠一中將和參謀長草鹿龍之介少將，站在「赤城號」航空母艦的指揮台上，一上午都翹首望著天空。終於，在十點十分光景，南方出現了黑點點，一架跟著一架，第一次攻擊隊的飛機返航了，有些編成隊形，有些則零零落落單獨飛回。六艘航空母艦準備收回艦機，一下子便忙碌起來。
第一次攻擊隊的日機，在上午十點前後飛返「機動部隊」。第二次攻擊隊則在兩個鐘頭以後，氣候已經變壞，高浪和變換的勁風，使得降落非常困難。有些飛機在緊張和忙亂中，像鴨子般用機腹降落；失事的很多，一些損傷很重的飛機，不得不推進海裡，讓那些油料缺乏，正在上空不耐地盤旋著的飛機降落。山本貞夫大尉的座機，一個著陸輪被打掉了；飛回「蒼龍號」降落時，甲板上的伙伴，又打掉了他另一個著陸輪，山本在震動中落在甲板上，幸而油箱罄空，沒有起火，有驚無險。
江間保大尉飛的俯衝轟炸機，落在「瑞鶴號」上。艦上的官兵得到攻擊的最早報告，都欣喜若狂。江間保本人也「如釋重負，很高興在這次攻擊中安然返航。」不過，他並不認為已經結束，深信敵人也許會發動逆襲，但和其他飛行員一般，這次凌晨攻擊大獲全勝，對日本作戰進行會很順利；至少，他們現在還會有一次機會。
「飛龍號」上，醫官在曱板上等候急救受傷人員，運往病艙；返航的每一架飛機，都有許多防空砲火的斑斑彈痕，使他們覺得不妙。但幸而「飛龍號」上兩批飛機的飛行員，沒有一個受傷。其他航艦的運氣就比較差，「赤城號」上，一架飛機的一名曹長重傷當夜逝世，舉行了海葬。
佐藤正夫大尉落到「瑞鶴號」後，走進無線電室，靜聽兩架迷失了方向的轟炸機通話，他們要求「機動部隊」報告位置。但是艦隊因為嚴格執行無線電靜止，所以不能回答。最後這兩架轟炸機，報告他們的油料已罄，準備衝向海中，「萬歲！萬歲！萬歲！」
但是，損失相當微不足道―實際戰鬥中損失了二十九架，少數幾架損失在海裡、或降落時失事―三百多架飛機安然飛返艦隊。這次攻擊的成就，遠遠超過日本人最大膽的判斷，六艘航空母艦上的每一名空勤人員，莫不非常興奮、沾沾自喜。
機隊總指揮官淵田美津雄中佐心中，充滿了同一天下午作第二次攻擊的想法。他的座機飛離珍珠港，他心中還算定了要摧毀珍珠港的兩處油槽區、龐大的修護工廠、或許還炸毀上午攻擊優先目標的漏網之魚。
這時，飛回「赤城號」的所有飛官，都立即向飛行長增田正吾中佐報告。增田就在飛行甲板上靠近指揮台，在村田重治少佐協助下，在一塊大黑板上，記下這次攻擊的效果。源田實中佐從指揮台跑下來一兩次，然後把話傳給等待最終戰果等得不耐煩的南雲和草鹿。源田來看黑板時，集結的飛行員都要求進行第三次攻擊。源田細細傾聽，但卻沒有表示意見。
「赤城號」黑板的四週，興奮越升越高，飛行員與觀察員立刻關懷的為戰果的正確評估。但他們也討論美軍對第一次攻擊隊的抵抗，全都同意「考慮早上所有的事實，他們的反應出奇的快。」一致認為沒有出敵不意的奇襲，這次偉大的成功便不可能。
將近中午時分，淵田美津雄座機的飛行員，使飛機落在起起伏伏的「赤城號」飛行甲板上。源田實瘦削的面孔上，露出開心的微笑，緊緊握住淵田的手。源田趕緊回指揮台，就在這時，一名水兵跑來，傳出訊息，司令官要淵田馬上見面。但是淵田決定等一下，把自己觀察的戰果與各攻擊隊隊長所得拼湊起來。因此，他小心望著大黑板上的戰果圖，一面喝茶，一面聽取十五名飛行員的報告，直到他們的觀察戰果與自己的相接近，這才滿意可以向上級作出相當精確的判斷。這時，另一名傳令兵通知淵田，要他向南雲報到，趕快。
他發現參謀長草鹿龍之介少將、艦長長谷川壽一大佐、首席參謀大石保中佐、源田實中佐、和其他幾名參謀，都和南雲忠一司令官在一起。淵田打算作一個正式的簡報，把作戰經過一一報告，但是南雲不耐煩，開口就問：「戰果―它們怎樣了？」
「四艘主力艦沉沒了，」淵田回答道：「我知道這一點，根據我自己的觀察。另外四艘主力艦重創，」他又補充，然後列出機群攻擊其他艦隻的泊地與艦型。
南雲又打岔問道：「你認為米國艦隊六個月內無法出珍珠港嗎？」
淵田心中不安，但他欠司令官一份實在：「米國太平洋艦隊的主力，無法在六個月內出來。」他答道，南雲笑笑點頭。
然後草鹿龍之介提出問題：「你認為下一步的目標是甚麼？」這句話似乎現示了積極的企圖心，淵田便立刻答覆說道：「下一步的目標應該是船塢、油槽、及機遇艦隻。」他認為沒有必要再度攻擊主力艦。
草鹿也提到米軍逆襲的可能，源田與淵田都要他安心，日軍已經控制了歐胡島及海上的天空。大石保插嘴：「敵人是在進行反攻的地位嗎？」淵田回答說道：「我相信我軍已經消滅了敵人很多飛機，但我說不上是不是已把它們完全殲滅。敵人攻擊我軍依然最有可能。」大石對這句話沒作答覆，但他默不作聲卻很有力。
南雲這時回到討論：「你認為那三艘不見了的米軍航空母艦在甚麼地方？」淵田解釋說，雖則他不能確定，但認為最有可能，便是在海上某處進行訓練。職責迫使他補充說，毫無疑問，這三艘航母現在已經收到了攻擊的消息，會搜尋「機動部隊」。顯然，這句不愉快的暗示，對南雲造成深刻的印象。大石保也煩躁地談到敵方可能的反擊，問源田的意見如何，源田實半點都不慌張，自自在在回答道：「讓敵機來吧！如果來了，我們會把它們打下來。」
源田想到，米軍「勒星敦號」和「企業號」這兩艘航空母艦還是漏網之魚，如果南雲不首先確定它們的所在位置，而再度攻擊珍珠港，會是世世代代相傳的大笑話。因此他要求南雲：「在這一帶地區待上幾天，以搜索敵人的航空母艦。」
可是南雲忠一覺得自己就像是一個賭徒，在大賭場把畢生積蓄都押在一張牌上，一翻兩瞪眼，居然贏了；唯一的念頭就是立即兌現，儘可能快回家。他冒險所指揮的日本海軍第一航空艦隊帶到攻擊點，完成了任務。在第一次攻擊隊中，只損折了五架魚雷轟炸機、一架俯衝轟炸機、和三架零式機；所有水面艦隻絲毫無損。（第六艦隊則損失了一艘遠洋潛水艦和五艘「甲標的」特殊潛航艇）他不想再試第二次的命運，在第二次洗牌中，再度承受那種苦痛的壓力。
南雲微微笑了，溫語嘉勉淵田工作的成就。但是馬上就看得出來，司令官並不打算擴張戰果，他唯一的真正目的，是儘速急急返回日本。
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