《入出息念經》可以分為六個部分。第一部分描述佛說法的環境。當時佛和弟子住在祇樹給孤獨園（祇陀園），舍衛國城外一個種植了大量樹木的園區。當時有超過四百位比丘跟隨佛陀修行，資深的比丘分別指導十、二十、三十以及四十位初學比丘。
毎天早上坐禪後，比丘們一起進城托缽乞食。在中午日光直照之前，他們返回禪修處用齋。經常有國王或一些富戶人家，邀請所有比丘到皇宮或他們家裡接受供養，這些富戶人家的居住處足以容納許多僧人。較貧窮的家庭，則會等待比丘們托缽時給予供養。也有些人會帶食物到祇陀園供僧。
佛和弟子每天只在正午前吃一餐。他們在修行處不烤煮食物。那時僧人不像現在的出家眾，他們沒有責任出席喪禮、做法事、為病人或亡者誦經祈禱，但他們會在接受供養之前或後，為供養者做簡短開示。比丘們說法清楚有力，因為他們都過著整合的生活，在日常生活中實踐他們的修行。
太陽還未下山時，佛會在樹蔭下教導弟子。如果晚上月色明亮，佛也會在晚上做開示，這篇經文就是其一。佛以往曾經幾次講解修習覺知呼吸的方法，許多弟子已經在修習，但佛說這部經的晚上，應該是他首次完整地教授整套修習方法。佛選擇這個場合，可能是因為有許多比丘從不同地方來到，其中包括一些剛出家的弟子。
那年的雨安居，佛陀和弟子們在祇陀園修行了四個月，比以往延長了一個月，目的是讓其他地方的弟子們也有機會一起修習。其他地方的比丘較祇陀園的僧衆早一個月完成了雨安居，因此都能前來參加。佛陀講《入出息念經》的晚上，可能有成千比丘在場。
十六項練習
第二部分是經文核心，詳述覺知呼吸的十六項方法，以及四念處的修習。
首四項練習
「吸氣，我知道我在吸氣。呼氣，我知道我在呼氣。」
1.「吸氣長，我知道吸氣長。呼氣長，我知道呼氣長。」
2.「吸氣短，我知道吸氣短。呼氣短，我知道呼氣短。」
3.「吸氣，我覺知整個身體。呼氣，我覺知整個身體。」
4.「吸氣，我使全身平靜安詳。呼氣，我使全身平靜安詳。」
首四項正念呼吸練習幫助我們回到身體，藉以深觀、照顧身體。在日常生活裡學習讓身體和諧輕安，學習統一身心非常重要。佛從來沒有教我們虐待或壓抑身體。
在第一及第二項練習，呼吸是覺知的對象。心是主體，呼吸是對象。呼吸可能是短、長、重、輕。如此修習正念呼吸，你會看到呼吸影響心，心也影響呼吸，心和呼吸為一體。你也會看到呼吸是身體一部分，覺知呼吸，也即是覺知身體。
在第三項練習，呼吸不只是身體一部分，呼吸與我們整個身體連結在一起。覺知呼吸，同時覺知整個身體，你的心、呼吸和整個身體統一為一體。
在第四項呼吸練習，身體開始平靜下來。呼吸平靜了，身和心也隨之平靜下來。
這四項呼吸練習，讓我們身心一體。呼吸是實現平靜與安詳的重要方法。
第二組四項練習
5.「吸氣，我感到喜悅。呼氣，我感到喜悅。」
6.「吸氣，我感到快樂。呼氣，我感到快樂。」
7.「吸氣，我覺知我的心行。呼氣，我覺知我的心行。」
8.「吸氣，我使心行平靜安詳。呼氣，我使心行平靜安詳。」
第二組四項正念呼吸練習，幫助我們回到自己的感受，培養幸福喜樂，轉化痛苦。你的感受就是你，如果不照顧自己的感受，有誰會替你做這件事？你得學習照顧這些感受，導師和朋友可以在某程度幫助你，但還是要自己去做。你的身體、感受是你的領土，你是這片領土的國君、皇后，你得為這片領土負責任。
修習第五項練習時，我們接觸到樂受、苦受以及不苦不樂受。覺知呼吸，讓身體平靜安詳（第四個練習），由此生起喜悅和愉快的感受。
在第六項練習，你清楚地覺察到喜悅變為安樂幸福。第七和第八項練習，將我們的注意力帶到所有感受，無論那是身體還是心的感受。心行包括感受與認知。當你覺知到每個身體和心理活動，你就覺察到每一個感受。
第八項練習使心行平靜安詳。此時，我們完全整合身、心、感受和呼吸。
第三組四項練習
9.「吸氣，我覺知我的心。呼氣，我覺知我的心。」
10.「吸氣，我令心愉悅。呼氣，我令心愉悅。」
11.「吸氣，我令心集中。呼氣，我令心集中。」
12.「吸氣，我令心解脫。呼氣，我令心解脫。」
第三組四項正念呼吸練習關於心，即是心理活動。在佛教唯識心理學，有五十一種心行（cittasamskara）。這些練習幫助我們處理所有生起的心行，培育有益的心行，接觸和轉化無益的心行。心行也是你領土的一部分。有些藏在你心識深處的種子，好像慈愛、理解、悲憫、喜悅，你接觸得不夠。然而，分辨對錯、聆聽別人、不暴力、願意克服無明、厭惡、執著的種子也在你之內，通過正念修習，以及導師和同修的幫助，你可以學到怎樣辨識、滋養內在這些品質，直到它們長成美麗的花朵。當你勘查自己的「領土」時，亦會發現一些具破壞性的品質，好像憤怒、絕望、懷疑、傲慢和其他使你痛苦的心行。由於不想看到這些負面的品質，我們不願意回到自己。但是，通過練習正念呼吸，你會學到怎樣為修復、照顧自己的「領土」負上全責。
在第十項練習，我們令心愉悅。當心處於平和喜樂的狀態時，比充滿悲傷焦慮時更容易集中。此刻我們有機會禪修，沒有任何時刻比這一刻更重要。平靜地安住在當下，接觸內在的信心、悲憫、善良、平和、自在這些種子，自然會生起無限的喜悅。這些種子藏在我們的心識深處，只要我們以正念呼吸接觸和澆灌這些種子，它們就會顯現。
於心觀心，第十一項練習帶我們進入深定。心就是呼吸。心是觀照的主體，也是觀照的對象。心是平安喜樂、心是所觀照的領域和定的力量。當下顯現的一切心行，都可以成為我們專注的對象。
如果心仍有繫縛，第十二項練習能令心解脫，讓心自由。心可能繫於過去、未來，又或者是其他潛藏的欲望和憤怒。通過深觀，我們可以找出纏繞著自己，令我們無法自在平安的心結。鬆開這些心結、解開綑綁我們的繩子，完全覺知呼吸，讓觀照之光照亮、解放我們的心。深觀恐懼、憤怒、焦慮等心行的本質，能帶來理解與解脫。
最後四項練習
13.「吸氣，我觀照無常。呼氣，我觀照無常。」
14.「吸氣，我觀照離貪。呼氣，我觀照離貪。」
15.「吸氣，我觀照滅。呼氣，我觀照滅。」
16.「吸氣，我觀照捨離。呼氣，我觀照捨離。」
心不可能跟它的對象分開。心，是意識、感受、執著、厭惡等等。意識，總是指意識某些東西；感受，總是指對某些東西的感受；愛與恨，總是愛或恨某些東西。這些「東西」是心的對象。沒有對象，心念不會生起；沒有心的對象，心念不可能存在。心同時是心識的主體和心識的對象，是兩者的一體。所有生理現象，例如呼吸、神經系統和感官；所有心理現象，例如感受、思想和心識；以及所有物理現象，例如大地、流水、草木、山河，都是心的對象，全都是我們的心。我們可以稱這些現象為「法」。
在第十三項呼吸練習，我們觀萬法無常的本性，包括生理、心理和物理現象時刻變化的本質。呼吸本身也是無常。洞悉無常非常重要，這樣的洞察為我們開啟一條道路，從而看到萬物相互關連、互為緣起、萬物無我的本質，沒有任何東西可以獨立存在。
第十四項練習，讓我們覺察欲望的本質，看到一切現象已然在分解的過程中，因此我們不再想執取任何現象為欲望的對象、為獨立存在的東西，即使是我們的生理和心理狀況。
第十五項練習，讓我們覺察到莫大的喜悅，這是解脫帶來的喜悅，妄念的止息，使我們再沒有意圖去執取任何觀念。
第十六項練習是正念之光，讓我們看到如何放下自我，放下一切無明與執著的負擔。能夠捨離，就已經是達到解脫了。
我們可以聰慧地修學這十六項練習。雖然首四項練習對於培養定力有很大幫助，每次修習時做這四項練習都會有裨益，但我們不一定要順序做這些練習。舉例說，我們可以用幾天或者幾個月專注於修習第十四項練習。
雖然這裡只是非常簡單地介紹這些練習，但它們的作用無可計量。修習的深與淺，視乎我們的經驗。佛並不想建立一些新理論，或者混淆初學者的心思，因此佛只用簡單的詞語，好像無常、離貪、滅、捨離。事實上，無常這個用語含意深邃，當中包含無我、空、相即、無相及無作這些觀念。這是爲何這些練習非常重要，能夠燃亮我們修行之道並帶來解脫。
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