光緒帝想要採取康有為的建議，開設懋勤殿，選舉通才數十人，並且延請西方政治專家共同討論政治，以統籌全局。但是這件事事關重大，他必須要請示皇太后。同時光緒帝命譚嗣同考察雍正、乾隆、嘉慶三朝開設懋勤殿的情況。其實這件事如果當做一個正常的政治任務來解讀也未嘗不可，朝廷要以舊朝的某一機構為基礎增設機關，那從舊朝尋找先前的典章成例以備參考采擇是完全合理的。但是這件事傳到康有為那裏時，他和維新黨一併認為，之所以讓譚嗣同搜集前朝典例是為了減輕皇太后的阻撓，這加深了他關於皇帝無權的猜測。
另外，日本明治維新名臣、前首相伊藤博文的到來，以及京城關於光緒欲聘請伊藤博文為顧問的傳言也加劇了頑固勢力對維新派的提防。
康有為的政治敏銳性使他很快意識到，皇上為了推行新政所做的一系列人事上的大變動引起了諸多不滿，裁撤冗官致使冗員受打擊面過大，已經招致了頑固派的激烈反對。眼下又要有事關制度根基的舉措，積久的帝后矛盾可能會因開設懋勤殿一事而激化。那就不免要有一番較量和爭奪，而政治勝負的關鍵在於有沒有強大有力的軍事保障。
基於這種判斷，康有為迅速向皇上提出了軍事上的建議：他建議皇上仿照日本軍事體制，建立皇上擁有統帥權的參謀本部，選天下精壯忠勇之士效忠皇上。另外，他還提出了遷都的建議，在公車上書時康有為就提出過遷都的建議，當時主要是因為京師近海，出於保衛京師免受日本挾制而提出的。但是現在他的用意顯然變了，主要是為了放棄舊勢力積聚的京師，南遷以圖新的局面，甚至還提出了變服飾以易舊党心志和改元為“維新元年”的建議。這些建議是要完全架空滿族勢力，這大概會讓大清王朝一嘗終結的味道，不僅會引起朝臣的反對，光緒帝自己恐怕也需要考慮，完全拋棄了舊勢力之後，新勢力是不是真的完全值得依賴。至此光緒帝已經深深感覺到，即便那些老臣掣肘，可依然是他離不了的。因為在這場新舊政治力量的較量中，始終有一個民族問題在糾結。光緒不想做亡國之君，要維新，他是站在新派立場上的；可是在滿漢民族問題上，他又是要對大清江山負責的一國之君，他是不可能完全放棄滿人的立場去依賴漢人主導改革的。一旦朝廷內部的動盪需要用軍事力量來解決，那後果的嚴重性可能會超出人們的想像。於是皇上對康有為的建議雖沒有反駁，但是也沒有立即行動，而是陷入了深深的反省之中。前段時間密集的改革步驟所導致的混亂局面，使他有些心力交瘁。
皇上這時默然的態度，讓康有為有些著急，因為在他的想像中存在著一場即將爆發的政治危機，如果要在這場危機中贏得主動權，則迫切需要一支軍事力量。這支軍事力量是政變發生時可以保衛皇上的力量，還可能會因此而為維新事業迎來新的局面。
到28日，皇上要開設懋勤殿的事情在京師已經盡人皆知，大家以為當天就會有諭旨，但是卻始終沒有動靜。本來就堅持朝廷中存在帝后之爭的康有為此時更覺皇上無權，而且此前已有傳言太后欲在天津閱兵之際發動政變廢掉光緒帝。閱兵之事6月15日曾經發佈過一次，那是榮祿任直隸總督、翁同龢開缺回籍之時，8月24日又進一步作了詳細的計畫。就上諭來看自然看不出什麼陰謀，但是處於新政頻頻頒發、新舊黨爭十分嚴重的情況下，有這樣的猜測和推斷也是完全在情理之中的。康有為更是以此為憂，深感形勢緊迫。
第二天皇上召見楊銳，讓楊銳和新進的小軍機商議挽救危局之事，詔書中這樣說。
近來朕仰窺皇太后聖意，不願將法盡變，並不欲將此輩老謬昏庸之大臣罷黜，而用通達英勇之人，令其議政，以為恐失人心。雖經朕累次降旨整飭，並且有隨時幾諫之事，但聖意堅定，終恐無濟於事。即如十九日之朱諭（指集體罷免禮部六堂官一事），皇太后已以為過重，故不得不徐圖之，此近來之實在為難之情形也。朕亦豈不知中國積弱不振，至於阽危，皆由此輩之所誤？但必欲朕一旦痛切降旨，將舊法盡變，而盡黜此輩昏庸之人，則朕之權力實有未足。果使如此，則朕位且不能保，何況其他？今朕問汝，可有何良策，俾舊法可以全變，將老謬昏庸之大臣盡行罷黜，而登進通達英勇之人令其議政，使中國轉危為安，化弱為強，而又不致有拂聖意？爾其與林旭、劉光第、譚嗣同及諸同志等妥速籌商，密繕封奏，由軍機大臣代遞，候朕熟思，再行辦理。朕實不勝焦急翹盼之至。特諭。
在折中光緒帝將自己的意思表露無遺，他希望維新派能有更好的主張，既可以推行新政又可以不過於違背皇太后的旨意。但可惜的是兩全其美的事情在激烈的政治鬥爭中幾乎不存在。
光緒這糾結的一折輾轉中成了“朕位幾不保，命康與四卿及同志速設法籌救”的求救折。
康有為與譚嗣同聞詔痛哭，皇上手上無可用之權，而形勢又這麼緊急。康有為等人不得不想到拉攏軍人，孤注一擲。當時在清軍諸將中，只有袁世凱曾經在朝鮮駐過軍，懂得中外形勢，主張變法。強學會時期康有為和他有過交道，在康有為眼中袁世凱是可以以事相托的維新同志。於是康有為通過譚嗣同奏請皇上對袁世凱加恩，希望袁世凱能心存感恩，能在危急時刻解救皇上，在和後黨的鬥爭中贏得主動權。
9月11日，康有為還代徐致靖草擬《邊患日亟，宜練重兵，密保統兵大員折》，康有為以邊患為由保薦袁世凱，以絕後黨疑心，請光緒帝召見袁世凱，“隆其位任，重其事權”，光緒帝接受了這個建議，立即電諭袁世凱來京陛見。
接下來，在9月16日皇上召見袁世凱的時候，詳細詢問了軍中事務，還令袁世凱以侍郎候補，責成其專辦練兵事務，將應辦事宜隨時專折具奏。第二天袁世凱前來謝恩時，光緒帝又當面對他說：“大家公認你練兵、辦學甚好，此後可與榮祿各辦各事。”這是皇上培植自己軍事力量的明確表示，希望袁世凱直接向自己負責，以此來牽制榮祿的兵權。康有為得知皇上破格重用袁世凱的消息以後非常高興，稱：“天子實在是聖明，這樣的恩遇，比我們所期望的還要隆重，袁世凱一定會感戴皇恩浩蕩而誓死圖報。”
可是就在他們沉浸在充滿希望的想像中時，皇上傳來了第二道讓他們感到絕望的詔書，催促康有為馬上出京到上海督辦官報，詔書中說：朕今命汝督辦官報，實有不得已之苦衷，非楮墨所能罄也。汝可迅速出外，不可遲延。汝一片忠愛熱腸，朕所深悉。其愛惜身體，擅自調攝，將來更效馳驅，共建大業，朕有厚望焉。特諭。
在當年那場撲朔迷離的維新變革中，政治走向越來越不明朗，京城的政治氣氛變得異常曖昧。很多事情沒有辦法清晰判斷，而且身在廬山，不識其面，大家能夠串聯起來的僅僅是自己所掌握的事件。但是出於自危，情急之中大家紛紛就自己所知的事件做著各種解讀和猜測，而這些解讀和猜測有相當一部分是誤讀和臆測。結果就是事情越來越雲遮霧罩，歷史的合力超出了任何一方的估計、判斷和準備。變法收場、領袖逃亡、志士喋血這一系列慘劇的伏筆都已經開始在這裏深埋。
皇上的詔書讓康有為等人感覺舉兵勤王之事刻不容緩。初三晚上，譚嗣同徑直到法華寺造訪袁世凱。深夜來訪，袁世凱必知事情非同尋常，於是將侍從摒退，只留下心腹幕僚徐世昌。袁世凱將譚嗣同請進內室，禮貌性地寒暄之後，譚嗣同迫不及待地問袁世凱：“你覺得當今皇上是什麼樣的人呢？”
袁世凱回答道：“皇上實在是曠世聖主！”
譚嗣同接著問：“太后欲在天津閱兵之時廢弑皇上的陰謀，袁兄可知曉？”
袁世凱不語，表示他有所耳聞。
這時，譚嗣同拿出了皇上的密詔給袁世凱看，並說：“如今可以救皇上的人只有袁兄，就看你想不想救。如果你不願意營救皇上，那就到頤和園告發我，請太后殺了我。”譚嗣同一邊說一邊就著自己的脖子做了一個殺頭的動作，“你可以憑這件事大富大貴”。
袁世凱正色厲聲說道：“你把我袁世凱看成什麼人了？聖上是我們大清國的聖上，是吾共同效力之聖上，我和你一樣同受皇上的恩遇，救護皇上不獨獨是你的責任，也是我袁世凱義不容辭的責任。如果有什麼賜教和安排，願聞其詳。”
於是譚嗣同將榮祿天津密謀和盤托出：“榮祿的密謀都在天津閱兵一事中，您和董福祥、聶士成三軍都受到榮祿的節制，榮祿會借助兵力廢上。雖然這樣，董福祥、聶士成不值得一提，當今形勢下最有實力的人是您。如果榮祿真的要發動政變，希望你能以你的軍力來抵制董、聶兩股兵力，保護聖上恢復大權，清除皇上身邊的小人，整肅宮廷，為江山社稷和維新大業保駕護航，這真的是驚天動地的偉業。”
聽完譚嗣同的一番話，袁世凱表示：“如果皇上在閱兵的時候迅速地進入我的軍營，並且傳號令誅殺奸賊，那我一定會跟隨諸位，保護皇上，萬死不辭。”
得到袁世凱這樣的表態，譚嗣同心裏一塊石頭終於落地，可是他還是擔心袁世凱在榮祿那裏不好交代。於是便問：“榮祿待你不薄，你怎麼跟他交代呢？”
袁世凱笑著沒有說話，但是據袁世凱幕府裏的人說：“榮祿並不是真正推心置腹地對待他。原來有人曾經想增加袁世凱的兵力，可是榮祿反對漢人手握的兵權過大，所以榮祿對袁世凱不過是表面上的籠絡而已，並非真心相待。前年胡景桂彈劾袁世凱，榮祿譴責他的行為並且將其查辦了，以此來顯示對袁世凱的恩情，可是胡景桂就被貶謫到寧夏做知府，不久就升任寧夏道。榮祿一向這麼陰險有心計，袁慰帥當然是知道的。”
聽到這樣的話譚嗣同開始覺得袁世凱這股力量是可以信賴的，但是真的要拉袁世凱入夥，他又有些擔心：“可是榮祿是非常不好對付的。”
袁世凱怒目相視說：“如果皇上來到我的軍營，那殺榮祿就像殺死一條狗一樣簡單。”
至此譚嗣同完全相信了袁世凱的話，將企圖保救皇上的圍園計畫詳詳細細地告知了袁世凱。可是聽完計畫後袁世凱卻又一再申述自己的難處，他說天津租界地有很多外國人，以下犯上謀殺總督會引起列強的巨大反應；另外就朝廷的武力配備情況來看，北洋有宋慶、聶士成、董福祥各軍共四五萬人，淮軍、練軍又有七十多營，京內旗兵也不下數萬，而自己只有七千人，恐怕難以勝任這樣的事情。他需要從容佈置。
譚嗣同的回話是沒有餘地的：“事情十分緊急，必須即刻定準一個辦法，我才可以複命。”
袁世凱聽到他這樣聲色俱厲的催促，又看到他腰間衣襟高起，好像藏有兇器，袁世凱不敢有正面衝突，便向譚嗣同保證：“只要對國家和皇上有利，我一定以死相報。”接著又藉口說，“現如今，營中槍彈火藥都在榮祿手上，而且營哨官員也多是榮祿的舊部下。事情這麼緊急，而且計畫已經訂好了，那麼我需要馬上回天津營，更選將官，設法儲備一些彈藥。”
談話至此，譚嗣同才起身告退。
這次談話是在八月初三夜裏，時隔一日，初五皇上又召見了一次袁世凱，在這次召見中，袁世凱在光緒帝面前其實隱約透露了一些自己對“圍園捕後”之事的想法，因為他覺得如果真的按照譚嗣同等人的辦法行事，可能會釀成大禍。但是這畢竟事關重大，袁世凱不好直說，所以他只是“稍露詞意，冀可補救”，勸光緒帝古今各國變法均非易事，皇上宜等待時機，切不可操之過急，免生流弊。還說變法問題的關鍵在用人上，維新派雖然不乏明達猛勇之士，但是畢竟閱歷太淺，辦事可能有失偏頗，一旦有所疏誤恐怕會連累皇上。所以他建議啟用明達時務、老成持重的舊臣張之洞等人。袁世凱雖一再強調在用人問題上皇上需要小心，但是似乎並沒有引起皇上的警覺，也或者是皇上已經知道大勢已去，多言無益。所以，在袁世凱一番用心良苦的勸告之後，皇上還是“無答諭”。
第二天政變就發生了。在此後維新派的話語體系中，始終是將袁世凱向榮祿告密作為政變發生的直接原因，這給人一種康有為與袁世凱不共戴天的印象。但事實上，在政變發生之後的1898年10月，康有為還曾給袁世凱寫過一封信，在信中他還是堅持認為在中國岌岌可危的情況下能夠挽救時局的只有袁世凱，表示了對“圍園”一事未果的諒解，稱“公受知遇，同銜衣帶，當別有苦衷，以救聖主而救中國，但需時耳”，希望“與公分居者行者之任，為國為家，努力努力！”康有為對袁世凱的諒解未必是真誠的，只是出於文人無兵權、無力量的無奈，不得不討好袁世凱，但是他對皇上的一片赤誠卻是不容懷疑的。為了挽救皇上性命，恢復皇上的權力，他在為一切可以依賴的力量奔走。
第二節去留肝膽兩昆侖——志士臨變的抉擇
慈禧太后于9月19日由頤和園回宮，20日皇上接見袁世凱和伊藤博文時，據說已經失去了自由，是在監視下進行的。第二天，皇上即“發佈”諭旨，稱“現在國事艱難，庶務待理，朕勤勞宵旰，日綜萬機，兢業之余，時虞從脞”。而慈禧太后自同治年間以來，“兩次垂簾聽政，辦理朝政，宏濟時艱，無不盡美盡善”，所以皇上“再三籲懇慈恩訓政”，希望能“仰蒙俯如所請”宣佈由太后重新訓政，這實際上是將政變公之於眾。與此同時，朝廷還發佈諭旨：諭軍機大臣等，工部候補主事康有為結黨營私，誘言亂政，屢經被人參奏，著革職，並其弟康廣仁，均著步軍統領衙門拿交刑部按律治罪。
接到捉拿政治犯康有為的諭令後，上午10時許，步兵統領衙門派300人包圍南海會館以及康有為經常出沒的張蔭桓官邸。但是在康廣仁和梁啟超的一再勸說下，康有為已經在淩晨離開了京城。抓捕康有為未得，步兵統領衙門只在南海會館抓到了其弟康廣仁和康有為的幾個門人。他們將這一干人等帶到監舍中，旋即開始詢問康有為的去處。這讓康廣仁擔心之餘又暗生慶倖，既然朝廷還在盤問康有為的下落，那證明他已經逃出了危險區，但是後有傳言稱康廣仁出賣同志，“誣攀”數百人。作為戊戌六君子之一的康廣仁最後畢竟是為中國的改革事業灑血的志士，在獄中曾經是“言笑自若，高歌聲出金石”，還慷慨激越地稱：“死則中國強在此矣，死又何傷哉？”想來不會是貪生怕死、變節求榮之徒，但也許正是他的正義氣概和大無畏的精神，使他蔑視清廷，侃侃而談他們驚天動地的政變計畫。他不知道朝廷對他們的圍園計畫還沒有完全掌握。康廣仁誤認為已在清廷掌握之中的交待使朝廷大驚失色。康有為策劃的“圍園廢後”一事在康廣仁被捕後真正浮出水面，於是形勢急劇惡化。
而在京師，最重要的事情就是弄清楚康有為“圍園廢後”的全部計畫，鎖定涉案人員，擴大緝捕範圍。根據康廣仁的交待，這個計畫是受到了皇上的指使或者暗示的。但是隨著袁世凱向榮祿稟報譚嗣同當天夜訪時的情形，以及各種可以證明皇上並不知情的線索陸續浮出，皇太后或許是相信了皇上的無辜，或許是認為皇室成員是利害相關的一體，所以並沒有對皇上進行深究。在9月24日，最終下發的革職治罪名單中有張蔭桓、徐致靖、楊深秀、楊銳、林旭、譚嗣同和劉光第等。
朝廷派人去查抄康有為居住的南海會館時，梁啟超正在譚嗣同的住處，突然聽到康有為居所被查抄的事情，緊接著又聽到請求太后垂簾聽政的上諭。譚嗣同從容地對梁啟超說：“原來想要救皇上救不了，現在想要救康先生也救不了，我活著已經沒有什麼用了，只等著死期到來。即便是這樣，天下事本就當有知其不可為而為之的，您還是試著到日本使館去拜見公使，請他給上海領事館發電文解救康先生吧。”那天梁啟超住在日本使館，“顏色蒼白，漂浮著悲壯之氣”，向日本公使告急：“我三天之內就需要赴死，有兩件事要託付閣下。現在皇上已經被幽禁，希望您能幫助皇上脫離危險的境地，另外就是設法營救康有為先生。”日本公使林權助不僅答應了梁啟超的請求，還表示願意將他也一併解救。梁啟超感激涕零，但還是離開了。直到晚上，公使館門口突然發生了一場騷亂，不一會兒，梁啟超沖了進來。這一夜梁啟超躲在日本公使館。當時尚在中國的日本前首相伊藤博文得知此事，也表示贊成救助維新派。而本來可以跟梁啟超一起到使館避難的譚嗣同卻留在家裏從容待捕。等了一天可朝廷並沒有前來緝拿他，第二天他帶了自己所寫的幾本詩詞文稿以及一些家書到日本使館跟梁啟超見面，將這些東西託付給梁啟超，並且勸他東渡日本，情詞懇切：“沒有保全性命的人，維新大業就沒有將來，沒有救死的人，就沒有辦法報答聖主的知遇之恩。現在康先生生死未卜，程嬰杵臼的故事要在我們兩個身上上演了。”說完這一席話，他和梁啟超緊緊相抱，以示訣別。此後三天他還跟之前的江湖弟兄作著救護皇上的最後努力，被捕的前一天曾經有日本志士勸他東渡日本，可是他沒有接受這樣的勸告，而是慷慨地說：“各國變法沒有不是從流血犧牲開始的，可是如今中國還沒有因為變法而流血犧牲之事，這是中國之所以不能強盛的原因所在。要流血那就從我譚嗣同開始吧！”
八月初十譚嗣同被捕。他在監獄的牆上題詩一首：“望門投止思張儉，忍死須臾待杜根。我自橫刀向天笑，去留肝膽兩昆侖。”這首詩不但淋漓盡致地體現了他勇毅無畏的人格，也是維新志士坦蕩胸懷的集體寫照。
楊深秀也表現得非常鎮定，政變已經發生，人人自危，可他卻依然直言上書詰問光緒帝被廢的原因，還援引古義，痛陳國難，請慈禧太後撤簾歸政。
劉光第同樣是古今難得的義士，政變前康有為曾經遭到湖南守舊勢力曾廉的彈劾，光緒帝請譚嗣同逐條駁斥。譚嗣同誓言以百口保康、梁之忠，如果曾廉之言屬實，自己願意先受責罰。劉光第被譚嗣同的義氣之舉所感染，在駁斥狀上同署名願坐罪以保康、梁，將維護維新志士看做是君子之行，可以稱得上是義薄雲天。
楊銳比較持重，是張之洞的弟子，位列軍機四卿，獲罪之後張之洞曾經竭力保救，但是清廷處決之速沒有給他留下足夠的活動餘地。
9月28日，朝廷未經審訊將譚嗣同、康廣仁、劉光第、林旭、楊銳、楊深秀六人在北京菜市口殺害。譚嗣同在刑場上還高呼道：“有心殺賊，無力回天，死得其所，快哉快哉！”六君子的從容就義，寫就了中國近代史上壯美的一篇。
清廷9月29日公佈的案件說明。
諭。近因時事多艱，朝廷孜孜圖治，力求變法自強，凡所設施，無非為宗社生民之計。朕憂勤宵旰，每切兢兢。乃不意主事康有為首倡邪說，惑世誣民，而宵小之徒群相附和，乘變法之際，隱行其亂法之謀，包藏禍心，潛圖不軌……
秦檜誣殺岳飛尚有一個“莫須有”的罪名，而對於清廷未加審訊就對志士行刑這種極不負責的做法，康有為和梁啟超在後來的文章中都表示了極大的憤慨，但都已於事無補，只能讓人愈加感覺歷史的沉痛。
除了維新變法時期最顯眼的康梁和戊戌六君子之外，張蔭桓、黃遵憲等主張維新的大臣也在朝廷的打擊之列，只是他們此前已是負責朝廷外事的重臣，身上維繫著別國在中國的政治權益，所以，朝廷對他們的緝捕遭到了英、日、美等國的干涉，由此才得以倖免。
在政變的關口上，昔日一道為中國維新事業奮鬥的人，作出了不同的選擇，死者以性命酬志，生者以餘生續業。正像譚嗣同詩中所寫的“去留肝膽兩昆侖”，他們的生命光輝是後人不朽的精神財富。
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